Секрет заболоченности данной области кроется в ее особом месте расположения. Дело в том, что Пантанал со всех сторон окружен более высокими землями, а иногда и полноценными горными грядами. Как только начинается сезон осадков, бурные потоки устремляются вниз и быстро заполняют природный бассейн, и даже создавая импровизированные острова из тропической растительности, на которых можно заметить множество животных.
Максимальный уровень воды достигает отметки в пять метров, но после окончания дождей, планомерно снижается. По мере пересыхания болота, местные земли становятся очень плодородными, и растительность на них расцветает особенно бурно. А вот рыбы, напротив, оказываются в ловушке небольших водоемов, расположенных во впадинах, которые не могут пересохнуть. Здесь они становятся легкой мишенью для хищников, приходящих сюда, чтобы утолить голод.
Пантанал сейчас подвергается активному воздействию человека, что негативно сказывается на местной экосистеме. Люди начали промышленный лов рыбы, загрязняют болото токсичными отходами, используют местные территории под нужды сельского хозяйства. На нескольких озерах созданы развлекательные аттракционы с аквазорбами, катамаранами и яхтами.
Проблема и в том, что Пантанал на сегодняшний день не является защищенной областью. Точнее, юридически защищен лишь один из его участков – Пантанал Матогроссенсе. Вот только он занимает всего два процента от общей площади этого уникального природного образования. Вся остальная территория в свою очередь не имеет никакой защиты, и члены природоохранных организаций неоднократно обращались к правительству Бразилии с требованием решить данный вопрос на законодательном уровне.