Решение о переводе стрелок принимает совет директоров журнала при помощи приглашённых экспертов, среди которых, в частности, 18 лауреатов Нобелевской премии.
За 60-летнюю историю проекта стрелки Часов меняли свое положение 20 раз, включая начальную установку на семь минут в 1947 году. Во время Карибского кризиса (1962 год) мир был в двух шагах от ядерной войны. Тем не менее, так как кризис разрешился очень быстро (в течение 38 дней), Часы не успели отреагировать, и их показания не изменились. С 1960 и по 1963 год часы показывали семь минут (в 1963 году это время было увеличено до двенадцати минут)
В 2015 году стрелки Часов Судного дня (Doomsday Clock) — сдвинуты на две минуты вперед. Теперь на часах 23:57, всего три минуты отделяют от часа глобальной катастрофы, наступление которого знаменует полночь.